國務機要費案起訴書公布後，由於篇幅很長，為方便快速瞭解，本文分析說明其重要內容。
答一：國務機要費案起訴的包括吳淑珍、馬永成、林德訓、陳鎮慧四個人，罪名如下：
（１）吳淑珍（總統夫人）：以貪污罪及偽造文書罪起訴
（２）馬永成（總統辦公室主任）：以偽造文書罪起訴
（３）林德訓（總統辦公室主任）：以偽造文書罪及偽證罪起訴
（４）陳鎮慧（總統府出納）：以偽證罪起訴
不過，檢察官在具體求刑時，主張對吳淑珍減輕其刑、對馬永成等三人予緩刑。
答二：因為刑法第三十一條規定：「因身分或其他特定關係成立之罪，其共同實行、教唆或幫助者，雖無特定關係，仍以正犯或共犯論。但得減輕其刑。」
所以，吳淑珍雖然不具公務員身份，但是檢察官認定他和具有公務員身份的陳水扁一起犯罪，故吳淑珍被以貪污罪之共犯起訴。
答三：吳淑珍的犯罪事實如下：
（一）吳淑珍與陳水扁共同利用職務上之機會詐取財物，並利用不知情之陳鎮慧行使變造之私文書，依此方式詐領得之國務機要費計新台幣14,808,408 元，足生損害於會計及審計之正確性，並將該款項放入自己口袋，涉嫌貪污罪及偽造文書罪。
檢察官認為吳淑珍明知總統之國務機要費依「支出憑證處理要點」第三點「各機關員工向機關申請支付款項，應本誠信原則對所提出之支出憑證之支付事實真實性負責，如有不實應負相關責任」之規定及總統府多年來慣例，其「非機密費」部分請領時必須檢具原始憑證，亦即，以請領者有實際支出為必要，竟仍基於共同意圖為自己不法所有之概括犯意，利用陳水扁總統請領國務機要費之職務上之機會，由吳淑珍出面自民國九十一年七月起陸續蒐集第一家庭成員（含吳淑珍本人、總統長子陳致中、總統長女陳幸妤、總統女婿趙建銘）平日消費所取得之發票，另向親友及其他不明身分人士索取他人消費付款之統一發票，向總統府會計人員申領國務機要費，致負責審核之公務員陷於錯誤，交付請領金額。該項非法獲得之全部經費，並未用於公務，而係納入吳淑珍之所得，故已涉嫌貪污罪及偽造文書罪。
（二）吳淑珍另提供百貨公司禮券發票11,950,044 元請領國務機要費，該部分經查係將請領所得經費用於「秘密工作」，故不成立貪污罪，僅涉偽造文書罪。
答四：在起訴書中多次提到，陳水扁和吳淑珍利用假發票報帳的方式詐領財物，共犯貪污罪和偽造文書罪，可是因為憲法第五十二條規定：「總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究」，故陳水扁受憲法總統刑事豁免權的保障，目前不能起訴，必須等到他被罷免或解職後才能起訴。
答五：根據吳淑珍、馬永成等人的供詞，十分一致，都說是因為外交部預算及國務機要費的機密費部分不夠用，為了從事「秘密工作」，只好「由陳水扁指示」吳淑珍等人「設法取得一些發票來核銷國務機要費」。
為證明這個秘密工作確實存在，陳水扁等人提出「甲君的南線工作案」、「Ｆ案」、「Ｃ案」、「資助海外民運人士」等作為抗辯理由。
換句話說，在國務機要費案中，包括吳淑珍及馬永成等被告，均將主要責任推給陳水扁，並主張不違法的理由在於：他們認為，國務機要費的假核銷，是為了「秘密工作」（也就是公務），是為國家做事，沒有一毛錢進私人口袋，所以不違法。
答六：檢察官認定國務機要費用於「秘密工作」是「純屬虛構」或藉口，主要理由有：
（一）陳水扁在第一次受訊問時說「秘密外交工作」只有二件，曾案及南線工作案。可是當證據愈來愈多時，第二次訊問時，「秘密外交」工作就增加為四件。可見其中的證詞可信度不高。
（二）「南線工作」案被證明是「純屬虛構」，相關人已承認作偽證。
（三）「曾案」雖真有其事，但資金來源是借貸而非國務機要費。因此，國務機要費中以曾案為藉口的3,200,000元，是去向不明、流入私人口袋的。
（四）上述四件秘密外交工作，都是於民國九十三年支付的。但是，吳淑珍在民國九十一年七月就已經開始使用他人發票請領國務機要費。吳淑珍怎麼可能預見到「日後」國家會有「秘密工作」的需要而預先請領？
（五）秘密工作的總支出經費為4,500,000元左右，但吳淑珍請領的國務機要費高達14,808,408元。其中明顯有無法說明金錢流向的地方。
答七：檢察官認為「南線工作」純屬虛構，主要有三大理由，第一是相關證人承認自己做偽證，根本沒有「南線工作」這件事；第二是當事人「甲君」親自具結寫了一封信函給檢察官，說明根本沒有「南線工作」這件事；第三是依據多項現有物證根本無法證明有「南線工作」這件事存在。
尤其是第三點關於物證部分，幾乎可說是鐵證如山。最主要的證據是「時間不對」，證人陳述了許多個發票交付及請款的時間，可是檢察官發現，在這些時間，甲君人在國外，根本不可能交付及請款。基於這許多證據，檢察官因而認定，「南線工作純屬虛構」。
答八：檢察官的主要理由有：
（一）國家有一套完整的會計及審計制度，從事秘密外交，有機密預算可以用，不夠用可以追加預算。所以，縱然有「秘密工作」的事實存在，也不能用假發票來核銷經費。如果因為預算不夠用就做假帳，會讓國家的會計及審計制度出現錯誤，危害程度很大，必須處罰。檢察官發現，吳淑珍及陳水扁確實有用假發票核銷的行為，雖然吳淑珍與陳水扁說明用發票假核銷的經費是用於秘密工作，但是以報假帳的方式，即使把錢用在秘密外交，仍然構成偽造文書罪。
（二）如果不只使用假發票核銷，還把錢放進自己口袋，還會構成貪污罪。陳水扁跟檢察官說，用發票假核銷領到的國務機要費，吳淑珍都已經全部交給他；而吳淑珍與陳水扁所謂的「秘密工作」，經查證是「純屬虛構」。所以，檢察官認為吳淑珍和陳水扁並沒有將錢用於該項工作，而是將錢放入自己口袋，所以吳淑珍和陳水扁構成貪污罪。
答九：經檢察官查證的結果，以發票核銷的國務機要費中，扣除可認定為用於「秘密工作」的11,950,044元（以大額、單一消費的發票核銷）之外，還有14,808,408元不能證明是用於「秘密工作」（以他人、小額、多次消費的發票核銷），陳水扁、吳淑珍對這些錢的流向也交代不清，因而認定這14,808,408元是貪污金額。
答十：吳淑珍及陳水扁一開始主張，這些「第一家庭提供的發票」（約1,835,575元），都是由第一家庭成員「代買」的，最後都用於餽贈、賓客接待，符合國務機要費的用途，沒有一毛錢進私人口袋。可是，檢察官逐一清查發票的購買人、購買情形，發現這些消費品、餐飲，用途可疑，應該不是用於餽贈、賓客接待。例如：許多物品是吳淑珍自己使用的（衣服、戒指依其尺寸修改）；又如，「代為請客」、「代為餽贈」，卻連「賓客有誰」、「送給誰」，都說不出任何一個名字來（不可能全部忘記），顯有可疑。因此，檢察官認定這些第一家庭提供的發票，應該是第一家庭自己消費的發票。如此，則第一家庭係將公費挪為私用，自屬貪污。
之後，陳水扁雖更改證詞，說其中有部分是其本人餽贈給第一家庭成員物品的發票。但檢察官就此指出，贈與必須符合社會常情。若可以將國務機要費贈與第一家庭成員，不就等於是擅自變相加薪，故其行為自屬不當。
答十一：檢察官查證後，認為馬永成、林德訓提到有二個案子，確實可能是「將國務機要費挪為秘密對外工作」之用。但檢察官進一步指出，維護會計及審計制度正確性是重要的國家法益。公務員有守法義務，即使出發點是為了國家，但行為違法，仍要負相關刑事責任。因此，馬永成、林德訓以他人發票假結報，仍應負偽造文書罪責。但檢察官也以情有可原，請求法院判他們緩刑。
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