一、現行條文與草案之異同
現行條文與審查會草案，僅第一百六十一條第二項略有不同。現行條文刪除了「法院得諭知檢察官撤回起訴」及「逾期未撤回起訴者得以裁定駁回起訴」。此一刪除，為與檢察體系妥協的結果，就本次修法的條文內容觀之，此一刪除恐將有違修法初衷，而生不良影響。
在實際運作上，若檢察官指出之證明方法顯不足認定被告有成立犯罪之可能者，法院僅得於檢察官逾期未補正時，始得以裁定駁回起訴。若檢察官依法補正，而所指出之證明方法仍不足認定被告有成立犯罪之可能時，依現行條文，法院將不能逕行以裁定駁回起訴！法院仍須命補正，直到檢察官能指出證明被告有成立犯罪之可能為止，或者直到檢察官逾期未補正為止。如此一來，是否會造成訴訟長期遲滯在第一次審判期日前？這一個法律條文上的文字漏洞，誠值注意。
二、法院所為駁回起訴的裁定，現行條文既賦予實質確定力，告訴人或被害人得否比照第二百五十六條請求檢察官提起抗告？
刑事訴訟法第二百五十六條規定，告訴人於接受不起訴處分書後，有不服者，得於七日內聲請再議；本法第三百四十四條第二項亦規定，告訴人或被害人對於下級法院之判決有不服者，亦得具備理由，請求檢察官上訴，除顯無理由者外，檢察官不得拒絕。
惟第一百六十一條所採之起訴監督制度，係仿自德國的中間程序，其目的在於保障被告免於處於訴訟可能的不確定性，並對抗檢察官違反濫行起訴之情形；簡而言之，此一起訴監督制度本來就是一介於偵查與審判中的「中間程序」，地位上十分特殊；且此法院裁定具有實質的確定力，茍無本法第二百六十條規定之新事證者不得再為起訴，影響告訴人與被害人的權利甚大。
因此，在現行條文下，若法院裁定駁回起訴，告訴人或被害人得否比照本法第二百五十六條，請求檢察官抗告？由於法無明文，恐生爭議。在現行條文正式公布後，司法院及法務部對於此一問題，實應儘速增加配套規定，以保障告訴人或被害人之權利。
三、法院以裁定駁回起訴，而非以判決諭知被告無罪，是否影響被告請求冤獄賠償或復職的權利？
依冤獄賠償法第一條規定，不起訴處分或無罪之判決確定前曾受羈押者，受害者得請求國家賠償。是依現行刑事訴法第一百六十一條之規定，法院以檢察官指出之證明方法，顯不足認定被告有成立犯罪之可能，而裁定駁回起訴者，該裁定既非無罪判決，又非不起訴處分，被告將無法請求冤獄賠償。
就此，司法院曾於修法說帖中表示：「冤獄賠償法並非對人民權利之限制，自不同於刑法必須固守罪刑法定主義，或租稅法必須必須固守租稅法定主義。………故可參照不起訴確定或未受有罪判決之情形，而適用冤獄賠償法或其他人事復職規定，對被告權益保障不生影響」，其意似欲以「類推適用」之方式解決此一問題。惟冤獄賠償請求權屬公法上之權利，應有「法律保留原則」之適用。雖司法院認為，此等因修法形成之「缺漏」，可參照司法院大法官釋字第四百七十七號解釋之精神，藉由類推比照方式予以解決。然既可能產生爭議，為保障人民之權益，解決之道，仍應儘速修正冤獄賠償法為宜。
四、關於「公平正義」之維護
現行條文第一百六十三條第二項但書規定「但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之」。本條文之「公平正義」用字，是否過於抽象、形同具文，在修法過程中即曾引起若干爭論。
現行條文係仿效當事人主義之立法，卻加入「但於公平正義之維護或被告之利益有重大關係事項，應依職權調查之」之職權主義立法。就體例上而言，可能產生扞格，在未來的相關解釋上亦可能產生困難，司法院實應對此一問題加強研究。否則，若檢察官以「關於公平正義之維護」為由，故不負舉證責任，留待法院調查，恐將爭議不斷。
五、關於日出條款問題
對於第一百六十一條、一百六十三條，在修法時曾有日出條款之議，就此，司法院也曾同意以一年六個月為準備實施期。惟修法過程中日出條款並未通過。就此而言，是否立即實施已無任何困難？如果確有困難，關於日出條款之問題，司法院、法務部將如何解決？是否即修刑事訴訟法施行法？凡此均有待說明。
刑事訴訟法第一六一、一六三條修正前後條文對照表
刑事訴訟法第一六一條、一六三條修正後之分析
作者呂啟元
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