依憲法增修條文第一條規定，國民大會成為「非常設性」之憲政機關，且同條第四項復規定：「國民大會職權調整後，國民大會組織法應於二年內配合修正」，故國民大會三法，即職權行使法、選舉罷免法及組織法，顯有立法之急迫性。由於國民大會三法之立法，涉及憲政體制、國民大會之職權及定位，並應符合當前政治環境與社會之實際需要。而立法所應考量的最重要基礎，實為國民大會在憲法上之地位。惟有釐清國民大會的憲政定位，國民大會三法始能為合憲的立法。
按現行憲法增修條文第一條規定，雖將國民大會之職權，限於（一）複決立法院所提之憲法修正案（二）複決立法院所提之領土變更案（三）議決立法院提出之總統、副總統彈劾案。而國民大會代表產生之方式，改為比例代表制，任期則與集會期間相同，以一個月為限。因此，國民大會已經成為「任務型機關」，此無庸置疑。然而國民大會雖為「任務型機關」，惟其憲法上憲政機關之地位，並未改變，且國民大會代表之產生方式，係由人民投票以入例代表方式產生，故其仍為民意機關。因此，國民大會縱因修憲，以致職權大幅減少，惟其仍為代表全國國民行使政權之憲政機關，此一地位卻未有更動，其仍保有機關獨立之主體性。司法院大法官釋字第四九九號解釋，認為「第三屆國民大會八十八年九月四日通過之憲法增修條文第一條，國民大會代表第四屆起依比例代表方式選出，並以立法委員選舉各政黨所推薦及獨立參選之候選人得票之比例分配當選名額，係以性質不同、職掌互異之立法委員選舉計票結果，分配國民大會代表之議席，依此種方式產生之國民大會代表，本身既未經選舉程序，僅屬各黨派按其在立法院席次比例指派之代表，與憲法第二十五條國民大會代表全國國民行使政權之意旨，兩不相容，明顯構成規範衝突。若此等代表仍得行使憲法增修條文第一條以具有民選代表身分為前提之各項職權，將牴觸民主憲政之基本原則，是增修條文有關修改國民大會代表產生方式之規定，與自由民主之憲政秩序自屬有違」，即揭櫫此一意旨。
因此，國民大會之組織及職權行使，固須因應修憲，作適度的簡化修正，惟不得使其過度弱化，致國民大會喪失其憲政機關之主體性，否則即違悖憲法精神及司法院大法官解釋之意旨。在確立國民大會為憲法上憲政機關及民意機關之地位後，國民大會三法之立法重點，分述如下：
一、國民大會職權行使法部分：
（一）國民大會仍應設秘書處及置秘書長
基於機關獨立主體性，國民大會仍應國民大會仍應設秘書處及置秘書，處理相關業務。若依蔡正元版草案，將國民大會相關之幕僚業務，完全交由立法院代行，秘書長由立法院秘書長兼任，則國民大會勢必喪失其機關之主體性，顯有悖於憲法精神。
（二）有關提高「逕付二讀」門檻限制
行政院版草案第八條但書規定，有出席代表五分之一之提議，過半數之同意，得將修憲案逕付二讀，此一門檻限制似嫌過低，易使草案規定經一、二讀之複決程序，變相淪為一讀即可通過修憲案。如此一來，相較於法律之立法三讀程序，修憲程序反而簡易，恐將損及憲法的最高規範性。因此，提高「逕付二讀」門檻限制，似可避免爭議。
（三）集會日之決定
憲法增修條文第一條，國民大會代表於選舉結果確認後十日內「自行集會」，非謂由總統或立法院長或國大議長召集之。惟集會之首日，仍應明確決定，國民大會代表始有自行集會之可能。目前各版本，建議由國民大會秘書長或立法院長決定之。此與「自行集會」之定義，是否符合，非無疑義；國民大會秘書長如何決定開議日？立法院長決定是否妥當？兩者均有不妥之處。
較佳的方式，或許可交由中央選舉委員會行使之。本法草案第二條不妨規定為，中央選舉委員會應同時公告當選名單、集會地點及日期，國民大會代表依公告自行於指定地點集會。
（四）資料之送印
憲法修正案、領土變更案與總統副總統之彈劾案，均與立法院之職權行使密切相關，且國民大會在正式集會前尚未開始作業。是故，此類資料，宜由立法院印發並送交國大代表，可節省不必要的公文往返並節省公帑。第三條以蔡正元版較為可採。
（五〉置議長或主席團？
國民大會代表究應置議長或主席團，宜於國民大會組織法中規範之。至開議日或集會日當日召開預備會議時，應選出議長或選出主席團，則應視國民大會組織法之規定而定。以任務型國大代表任期較短之特徵觀之，似宜置議長較妥，可避免選舉方式繁複，並能兼顧議事的順遂。
（六）議程之決定
國民大會雖經增修條文改為比例代表，功能緊縮，但依憲法第二十五條，仍「代表全國人民行使政權」，除非再次修憲完全廢除國民大會或凍結憲法第二十五條之適用，否則，國民大會仍屬國會。
基於國會自律原則，國民大會議程之排定、表決之程序、議事之規則等，均應自定之。蔡正元版交由立法院決定的設計並不可採。
（七）聽證之設計殊無必要
行政院版第六條，明定國民大會得舉行聽證會。惟觀諸國民大會之職權，領土變更案及修憲案均為「複決」，似無聽證必要；而總統、副總統彈劾案為「議決」，行政院版草案對此亦設有特別規定，亦無舉行聽證會之必要。本條宜刪除。
（八〉討論與修正動議
國民大會對於憲法修正案及領土變更案，其職權均為「複決」，且立法院提出後，民眾已有相當時間可以預知內容、表達意見。故國民大會代表在進行複決時，確實不宜再對憲法修正案或領土變更案進行任何修正之動議。就此，三版本之意見亦相同。惟明顯的文字錯誤或疏漏，是否可以提出修正動議？卻未見任何討論。若因明顯的文字錯誤而致國民大會不能贊成或反對修憲或領土變更案，以修憲時程曠日廢時而觀，似不經濟。故對於明顯的文字錯誤得否修正，恐須討論。
又，彈劾總統、副總統，與憲法修正案及領土變更案之本質不同，程序不宜準用。就此而言，蔡版第十五條及陳版第九條，並不可採。
（九）程序之簡化
國民大會在審議法案時是否適宜三讀程序？非無疑問。考量其任期只有一個月，且其職權為「複決」，似宜簡化程序，以一次表決之方式行之即為己足。就此，陳版第九條第一項較為可採。
又，國民大會既無提起修正動議之權，則逐條複決之方式是否可採，即有討論餘地。蓋憲法修正案有其體系上之完整性，如逐條複決，對於未通過之部分又不能為修正動議，恐將造成憲法適用上的困擾。惟憲法修正案若挾帶人民認為不適當之條文，經公告期間之公開討論，人民已認有刪除之必要者，若不能逐條複決，而需全盤接受，亦有未洽。就此，制度應如何設計，以兼顧二者，似值再予商榷。
（十）彈劾之問題
關於彈劾之程序，行政院版較為完整，惟其中設計有「審查委員會」制度，係與聽證會相結合。國民大會無舉行聽證之必要，已如前述，為免總統、副總統就彈劾案對於少數審查委員施壓，審查委員會之設計似為多餘。
又被彈劾人死亡或辭職，是否國民大會即應終止彈劾程序？彈劾除生被彈劾人解職之效果外，復影響被彈劾人卸任禮遇之權。如被彈劾人辭職即不受彈劾，並仍享有卸任元首之禮遇，是否妥適？此一部分，建議應予刪除，應採即使被彈劾人死亡或辭職，均應繼續彈劾程序之立場；否則，即應儘速修改相關禮遇條例之規定。
〈十一）人民建議案之處理？
國民大會即無修正動議之權，如何處理人民對於修憲案之建議？本條（行政院版第二十五條）顯屬行政院版自相矛盾之處，畫蛇添足，允宜刪除。
二、國民大會代表選舉罷免法部分：
有關國民大會代表選舉罷免之規範，有認為應於「公職人員選舉罷免法」中加以規範，亦有主張單獨立法者。就此，「公職人員選舉罷免法」修正草案，對此一部分已有規範，是否仍有單獨立法之必要，值得商榷。惟不論採何者方式，應符合司法院大法官釋字第四九九號解釋之意旨。
三、國民大會組織法部分：
本法之立法重點，在於國民大會應否設秘書處及置秘書長。如前所述，國民大會仍應設秘書處及置秘書，處理相關業務。若將國民大會相關之幕僚業務，完全交由立法院代行，秘書長由立法院秘書長兼任，則國民大會勢必喪失其機關之主體性，顯有悖於憲法精神。惟基於政府精簡之觀點，秘書處之人力可酌予縮編。
