回顧「兩稅合一」所得稅制早於民國五十七年行政院第一次賦稅改革委員會提出構想，嗣經七十四年行政院經濟改革委員會及七十七年行政院第二次賦稅改革委員會，分別提出建制，但因稅制複雜性與稅收減損等考量，直至民國八十七年元月一日始實施，其目的旨在避免所得稅重複課稅、以及避免扭曲企業財源籌措方式與盈餘分配決策。
惟因營利事業所得稅稅率25﹪，與綜合所得稅最高邊際稅率40﹪，尚相差十五個百分點，如在實施「設算扣抵制」下，維持現行稅率結構不變，將產生公司藉盈餘保留為其高所得股東規避所得稅負之問題。亦即當公司將盈餘保留不予分配，盈餘所負擔的稅負即為公司階段的所得稅負，最高為25﹪；反之，如公司將盈保全部分配，則因公司階段所繳稅負可扣抵，而將負擔股東階段的所得稅負，最高為40﹪。由上可知，公司仍可藉盈餘的保留，為其高所得股東規避稅負，為減少此一規避稅負的現象，綜觀其他實施兩稅合一制的國家，其公司所得稅與個人所得稅的最高稅率皆相距不大，甚至有些國家公司所得稅稅率較個人所得稅稅率為高，至於實施獨立課稅論公司所得稅制的國家，如美國內地稅法對公司未分配盈餘亦有嚴格規範，以防杜上述規避稅負的現象。
綜上可知，我國實施兩稅合一制，為縮小營利事業所得稅與綜合所得稅稅率間的差距，以及避免擴大享有租稅減免與未享有租稅減免公司間的不公平，乃增訂每一年度未分配盈餘加徵10﹪營利事業所得稅的配套措施，並且不再適用所得稅法第七十六條之一強制歸戶課稅的規定；亦即在改制之同時，所得稅法增列：「公司盈餘未作分配者，應就每一年度未分配盈餘加徵10﹪營利事業所得稅」規定，使未分配盈餘稅負提高至32.5﹪，縮小與綜合所得稅40﹪最高邊際稅率間之差距。此一規定，確有防杜稅負逃漏實質意義，但相對地，也使「設算扣抵」制度在公司帳務處理上，更為複雜。
「兩稅合一」所得稅制實施迄今，已近五年，除因稅制複雜性，致使稽徵成本增加外，另有當時所顧慮稅收減損問題，此可由相關統計資料窺知一二。就營利事業所得稅方面，由於兩稅合一制於八十七年實施時，依公司盈餘保留多寡，加徵10﹪未分配盈餘稅，這方面稅收是不減反增，因此，八十七年至九十年間稅收之平均每年成長率約為11.90﹪；然經濟不景氣，九十一年度累計至九月底止營利事業所得稅已較去年同期呈負成長。至於綜合所得稅方面，由於股東獲配公司盈餘較實施年度落後一年，致其稅捐申報享有稅額扣抵之權利，於八十九年開始適用，換言之，兩稅合一制係自八十九年度起，才對稅收產生影響，以八十九年為例，綜合所得稅稅收已呈1.65﹪的負成長。再者，由於近三年經濟景氣衰退，營業稅稅收平均每年約為6.53﹪負成長之警訊（請詳見附表），可見落後兩年始生影響的營利事業所得稅稅收，勢將顯現出來﹔至於綜合所得稅則因營利事業把以前年度未分配盈餘作為股利分配，使其股東可享有稅額扣抵比率，因所加徵10﹪的營利事業所得稅而提高，故對稅收減損影響將更加明顯。
然日前在行政院財政改革委員會上，工商團體、學者與政府代表對「未分配盈餘取消加徵10﹪規定」問題爭辯激烈，尤其從與會代表的發言中，似乎忘記行政院成立財政改革委員會旨在紓解當前財政困境之初衷，一味考量自身私利而力主減稅。再則，追溯民國七十一年間，財政部與經濟部兩單位共同檢討「獎勵投資條例」之存廢問題時，曾指出優良投資環境，須有健全稅制，即「加值型營業稅制與兩稅合一所得稅制」之建立，各種賦稅減免措施雖已由民國五十、六十年代的「產業別」獎勵，轉為七十年代的「功能別」獎勵，但衡酌我國經濟發展邁向已開發國家，因此，各種賦稅減免措施與其適用範圍應予逐年縮減，由上述兩大稅制取而代之。然而，「加值型」營業稅制與「兩稅合一」所得稅制已分別於七十五年與八十七年實施，前者於實行15年間，稅收成長近五倍，對財政之助益可謂良多，亦為中央與地方政府財政收支劃分爭取財源之主要稅目，如再加上對營利事業所得稅間接勾稽之功能，貢獻更不在話下﹔而後者對稅收減損壓力雖有增無減，但至少已使整體稅制結構更臻完備。故是否仍須維持現行「促進產業升級條例」及其他相關租稅減免等優惠之規定，實值商榷，更遑論近兩年來一再擴大租稅減免適用範圍與優惠項目，造成嚴重稅基侵蝕，破壞稅制結構之健全性。
最後，值得提醒的是，經濟發展須有穩健財政之支柱，不斷要求減稅，擴大免稅適用範圍，其結果勢將使國民賦稅負擔率再往下降﹔此表示稅負更加集中在薪資所得身上，而債務快速累積，須由後代子孫償還，財政收支擴大，以債養債，根本談不上經濟發展。再則，由實施「兩稅合一」所得稅制之歐盟國家觀之，德國於1977年採行「設算扣抵兩稅合一制」，但考量當前財政困境與全球性經濟緊縮壓力，乃於2001年回復採傳統公司所得稅制（即「獨立課稅論」公司所得稅制），而鄰近的法國則早在2000年就將原定25%設算扣抵稅率，降至15%，以減緩稅收損失壓力。
綜上可知，面對當前財政困境，不宜輕言再減稅，就「加徵10%營所稅之未分配盈餘」規定，其稅制設計之目的，旨在防杜「兩稅合一制」下兩稅稅率差距可能造成避稅現象，如予廢止，其配套措施至少應如財改會之建議「綜所稅維持40%，而營所稅25%調高為30%」，適當調整兩稅稅率，並增訂「最低納稅限額稅率5%」之方案﹔更值得注意的是，近日政府提出「促進產業升級條例」擴大適用範圍，且恢復「產業別」獎勵之措施，只有擴增財政收支赤字與破壞稅制結構，恐對刺激景氣無濟於事。
附表：「兩稅合一」所得稅實施後稅收增減變動情勢
單位：億元；﹪
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稅 目
年 度
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所 得 稅
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營 業 稅
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營利事業所得稅
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綜合所得稅
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合計
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稅收
|
增減
|
成長率
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稅收
|
增減
|
成長率
|
稅收
|
增減
|
成長率
|
稅收
|
增減
|
成長率
|
|
86年
|
1,517.84
|
99.45
|
7.01
|
2,197.41
|
211.08
|
10.63
|
3,715.25
|
310.54
|
9.12
|
2,346.89
|
171.67
|
7.89
|
|
87年
|
1,933.28
|
415.44
|
27.37
|
2,193.02
|
(4.39)
|
(0.20)
|
4,126.30
|
411.05
|
11.06
|
2,498.65
|
151.76
|
6.47
|
|
88年
|
1,881.90
|
(51.38)
|
(2.66)
|
2,405.45
|
212.43
|
9.69
|
4,287.35
|
161.05
|
3.90
|
2,376.17
|
(122.48)
|
(4.90)
|
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89年
|
2,132.81
|
250.91
|
13.33
|
2,365.76
|
(39.69)
|
(1.65)
|
4,498.57
|
211.22
|
4.93
|
2,122.93
|
(253.24)
|
(10.66)
|
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90年
|
2,336.78
|
203.97
|
9.56
|
2,449.58
|
83.82
|
3.54
|
4,786.36
|
287.79
|
6.40
|
2,037.07
|
(85.86)
|
(4.04)
|
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91年
|
1496.73
|
(777.94)
|
(34.20
|
2,053.49
|
(1.59)
|
(0.07)
|
3,550.22
|
(779.52)
|
(18.00)
|
1,805.01
|
52.6
|
3.00
|
