金融監督管理委員會乃整合監理金融、證券、期貨、保險業之行政部門成為單一金融監理行政部門機構。金融監督管理委員會下設金融檢查局，掌理金融機構之監督、檢查及調查；且為有效監理金融機構，金融行政管理權應與金融調查權有效結合，才能構成完整的金融監督管理制度，並使我國金融監理與世界潮流「金融監理一元化」結合。
財政部鑒於先進國家單一金融監理機關已成趨勢，以及民國九十年六月通過「金融控股公司法」後，國內金融集團跨行經營者日多，對各業合併監理之需求殷切，為避免分業監理制度可能衍生的相關問題，遂於民國九十年三月函送「行政院金融監督管理委員會組織法」草案至立法院審議。惟上屆會期立委就金監會委員產生方式意見分歧，質疑委員會獨立自主運作能力，故未能於上會期內通過。今（九十一）年財政部重新參酌上會期朝野協商之各種提案，並於五月份提出該組織法草案送立法院審議。
行政院所提案之最新草案重點包括：1. 以委員會方式運作2. 組織功能獨立3. 制度運作透明化4. 建構組織及員額彈性調整機制5. 賦予調查權職能，檢肅不法6. 委員會採公務預算，另成立金融監理基金，充實金融監理經費，以提高金融監理效能。
其中，有關委員組成之方式，行政院版本規定委員會置委員九人，由行政院院長提請總統任命之，主任委員一人，副主任委員二人，其餘六位委員中之兩席由財政部次長及中央銀行副總裁兼任，任期四年，任滿得連任。此外，金監會下設銀行局、證券暨期貨局、保險局與檢查局，另外設處、室辦理相關業務，且得因業務需要，聘用金融相關專業領域資深研究人員六十至一百人。為使金融監督管理委員會兼具獨立性與有效性，且能因應金融環境之快速變遷，行政院版「行政院金融監督管理委員會組織法草案」可朝以下方向修正：
首先，金融監督管理委員會所設之金融監督管理基金為非營業基金，其歸類與屬性宜充分揭露。因其非以特定收入來源作支撐，且強調其作業之目的與績效，故宜明確定位其屬作業基金。
其次，為使金融監督管理委員會能擁有整合功能且具超然獨立性之監理能力，金融監督管理委員會於組織架構、委員產生方式、人員編制和運作機制上宜作下列調整：其一、財政部本身擁有公股股權，若由財政部次長兼任金監會委員，則有「球員兼裁判」之嫌；另中央銀行為獨立行使貨幣外匯政策之機關，其金檢權已移至金監會，故央行副總裁毋須再兼任金監會委員。因此，金融監督管理委員會宜改設委員為七人，同時亦可符合政府精簡之意。其二、委員應有任期之限制，惟每任任期延長為六年，且任期最長為兩任。其三、委員新任及連任除由行政院院長提名外，應經立法院同意。
再者，關於金融監督管理委員會所設各局、處、室，為求精簡規模、提昇效能、避免不當膨脹之綜效，依「中央行政機關組織基準法草案」，導入組織容積觀念，對各級機關之附屬機關及內部單位酌採總量管制。故金融監督管理委員會下僅設立一附屬機關即金融檢查局，其餘銀行局、證券暨期貨局及保險局則改為銀行處、證券暨期貨處及保險處，為內部機關。另鑒於公開發行公司及上市上櫃公司所涉業務未必均與金融監督管理委員會之決策政策有關，且涉及時效性，惟仍應公正處理以期確保權益，故須另設證券暨期貨審議委員會，受理有關問題，以求公平。此外，金融監督管理委員會及所屬機關編制員額應依據「比例原則」予以考量。
最後，鑒於金融業務日新月異且與市場緊密結合，政府部門之研究往往跟不上業界之創新及變化速度，因此，觀察各國做法，多於監理需要時，結合或指定民間專業機構合作辦理或委託研究，而非自設一龐大研究機構，且此與我國力圖追求小而美的政府架構亦不相符。金融監督管理委員會及所屬機關不宜再聘用專門研究人員六十人至一百人之規定，可依銀行法第四十五條第二項之規定，委外處理金融業務檢查，一則可借重專業人士之長才，一則可避免浪費公帑。
