首先，我國檢調單位以貪汙罪大規模起訴大學教授，引發學術界震撼。檢調單位以調查起訴人數的量化指標，作為績效及升遷標準。因此柿子挑軟的吃，不去對社會真正奸惡之徒進行偵辦，而是從廠商的內帳取得過去被認為模糊的灰色地帶帳目，進行約談辦案。此舉在學術界已引起寒蟬效應，傷害了學術研究環境，令致力研究者起了戒心。檢調的作為不但收不到廉政的效果，反因傷害了學術自由和研究環境，令致力研究者灰心喪志，減少研究動機：不做研究，不碰經費，明哲保身，平平安安到退休，成了最佳的策略、最佳的選擇。要做研究，戮力研發創新，不僅得不到好處，反而可能稍有不當，面臨以貪污罪的刑法伺候。這樣的一個氛圍，已經嚴重影響學術界。
國家社會應給予大學教育及研究的知識工作者更好「待遇」。台灣的高教薪資，無法與西方、港、星及大陸「九八五」工程的重點大學相比的問題，因為國家財政窘迫，無法大規模改變，加上年輕人廣泛的 22 K月薪，這點我們不予討論。但是各項考評將教育與研發做「數量化、標準化和商品化」。以上三化流弊之所及，使得高教工作者無法獲尊重。學校拿選課人數、學生評鑑分數來品頭論足老師；拿發表篇數、影響因子來論斷研究成果；拿產學合作、技術移轉，甚至業界捐款等來當成考評指標。教授計點數，大學爭利潤，對知識工作者的精神傷害甚大。
國家對研究計畫的控管，目前「機制」仍是按時間計算各項經費執行率，在報帳中檢視經費的使用，定期勞師動眾的要求放放煙火式的考評，這完全是本末倒置。計畫應在乎的是實質研究成果，是否有創新？是否有學術貢獻？是否達到預期目標？因此未來對於經費的監督控管應該予以簡化，增加使用彈性。各級行政、會計、稽核人員應是幫助研究計畫能順利執行，而不是擴權解釋各式規定，妨害了研究計畫的執行。
一項去年的規定，已經嚴重妨害了國際學術的進行。根據101年6月22日修正的國外出差旅費報支要點，本來這是為規範中央政府各機關公務人員，因公出差至國外的規定。因其中有「…等全額主管加給人員，得乘坐商務或相當之座（艙）位，其餘人員乘坐經濟（標準）座（艙）位。」因此被解釋到適用於高教規定時，就只是系主任、院長、校長等全額主管加給人員才能乘坐商務艙，其餘教授、研究人員都得坐經濟艙。而且因為過去部分航空公司艙等列有全額經濟艙或豪華經濟艙，修正時認為其實質為商務艙，故於經濟座(艙)位中，增列(標準)字樣，防止偷渡享受豪經艙。一切都是以防賊的心理來對待。亞洲區短程還好，到歐美的長程航線，對年紀大及身材肥胖者實在是一大苦差事。影響所及，現在國際學術會議、交流活動，連政府要請學者為部會跨刀出國開會，都已經受到了影響。
國家研發經費整體的運用的效率性也值得檢討。第二期的5年500億邁向頂尖大學計畫，將於2015年截止。目前教育部先將執行期限延長到2016年。後續為何？政府並沒有一個清楚的政策。但延長1年等於明後年的經費是2年當成3年用，已經造成一個實質性的減少。其實，台灣整體的研究經費並不少，近年國科會研究計畫的通過率甚至已經達到百分之五十，比起西方先進國家的通過率，我們是有過之而無不及。但這是社會主義的精神，盡量有糖大家吃。如果5年500億的目標是對的：補助重點大學，發展國際一流大學及頂尖研究中心。那麼如何將資源用在最有價值得的方，就不言而喻。
在邁向「一流大學」的路上，其實「氛圍」比「機制」更重要，我們期待教育部、國科會等部會能以更新的思維來辦高教。教育知識的傳遞及研發創新是最具經濟「外部性」：效果都不見得是當事人獨享，而是可以澤被於整體的社會跟國家。創造好的氛圍，讓知識工作者安心的去思考困難的問題，得到創新與突破，獲得「教研工作的意義感」與「知識追求的愉悅感」才是對的。讓教研的成果擴散於社會，促成國家的進步。讓知識工作者在個人有限的生命裡建立大學無限生命的傳遞，開創永恆的生命意義。
（本文僅代表作者個人意見，不代表本會立場）
（本文發表於2013年10月27日中國時報）