8月7日莫拉克颱風的超級豪大雨，造成中南部地區土石及洪水成災、災情極為嚴重；朝野為了加速災後重建的進行，特制訂了《莫拉克颱風災後重建特別條例》，全文共30條，於8月27日完成立法。或許源於修法時程過於倉促，法案條文其實制訂得非常蕪雜粗糙；咨請總統公布時，總統府於檢視作業中發現，該條例第16條第1、2、3項與第19條第1、2、9項文字內容重複。為求災後重建工作順利進行，認為該重複條文不致影響適用與執行，總統仍於28日依憲法程序公布。唯立法院已表示，將在下會期開議後進行處理，以求周延。
既然本項重建特別條例的修訂勢在必行，因此除了處理第16條與第19條的條文重複問題之外，建議立法院能檢視整個法律條文內涵，將其中不周延及有疑義的條文一併修訂。茲將該特別條例條文未盡明確之處指出，以供立法及行政二院修法之參考。
第一條，第一項「為安全、有效、迅速推動莫拉克颱風（以下簡稱颱風）災後重建工作，…」，形容詞「安全、有效」較為空泛，建議修訂為「為統一事權、迅速推動…」或較簡潔具體。第二項「…。重建地區位於原住民族地區者，並應依原住民族基本法相關規定辦理。」建議修訂為「…。原住民族地區之重建，應依…。」但是特別提醒一點，《原住民族基本法》94年2月5日公佈實施後，有「主管機關應於本法施行後三年內，依本法之原則修正、制訂或廢止相關法令」（第34條）的法效性問題。
第二條，「災後重建應以人為本，以生活為核心，並應尊重多元文化特色，…。」，「以人為本，以生活為核心」應不待言，是屬空話贅詞建議刪除。第三條、第四條條文中皆有「莫拉克颱風」一詞出現，若依第一條第一項，應僅簡稱「颱風」即可。建議擴充第三條為「用詞定義」條文，將本條例所使用的專用名詞加以界定，可有助於民眾對條文指涉事項的理解。
第五條至第二十九條，建議將條文依災後重建工作事項，譬如「預算編列」、「貸款補助」、「保費補助」、「重建工程」、「企業紓困」、「失業救助」、「疾疫控制」、「死亡與失蹤人口」…等加以群組，目前條文的編排，顯得無條理、無組織，很難讓人理解本項法律規範事項的脈絡與真義。
其次，有關各重建工作事項及權責的主管機關應該要明確，目前在條文中不但有甚多「由中央主管機關定之」、「由各級地方政府定之」、「由行政院勞工委員會定之」、「由內政部定之」、「由各該目的事業主管機關審核及監督」…的待定事項，還有諸如「中央執行機關」、「地方執行機關」、「中央政府」以及「由行政院公告之」、「報行政院核定」、「依行政院重建推動委員會之決議辦理」的權責不明；顯然重建條例對於任務執掌與權責仍未加以明確分工授權，這樣如何能有效迅速推動重建工作？
另外對於特別預算的編列，希望也能加以檢討，才能符應本條例第五條第二項「相關重建計畫之預算，行政院應覈實編列」的要求。特別預算1200億元分四個年度執行：98年度414億、99年度490億、100年度227億、101年度69億。雖然救災與受災戶補助需要龐大預算支應，但在缺乏重建計畫內涵的狀況下，預算的編列實在難以覈實；再說本（98）年度僅餘4個月，如何能有效執行完414億元這麼龐大的預算經費？因此重建特別條例的內容及預算的編列，值得行政、立法二院重新加以檢討調整。
既然本項重建特別條例的修訂勢在必行，因此除了處理第16條與第19條的條文重複問題之外，建議立法院能檢視整個法律條文內涵，將其中不周延及有疑義的條文一併修訂。茲將該特別條例條文未盡明確之處指出，以供立法及行政二院修法之參考。
第一條，第一項「為安全、有效、迅速推動莫拉克颱風（以下簡稱颱風）災後重建工作，…」，形容詞「安全、有效」較為空泛，建議修訂為「為統一事權、迅速推動…」或較簡潔具體。第二項「…。重建地區位於原住民族地區者，並應依原住民族基本法相關規定辦理。」建議修訂為「…。原住民族地區之重建，應依…。」但是特別提醒一點，《原住民族基本法》94年2月5日公佈實施後，有「主管機關應於本法施行後三年內，依本法之原則修正、制訂或廢止相關法令」（第34條）的法效性問題。
第二條，「災後重建應以人為本，以生活為核心，並應尊重多元文化特色，…。」，「以人為本，以生活為核心」應不待言，是屬空話贅詞建議刪除。第三條、第四條條文中皆有「莫拉克颱風」一詞出現，若依第一條第一項，應僅簡稱「颱風」即可。建議擴充第三條為「用詞定義」條文，將本條例所使用的專用名詞加以界定，可有助於民眾對條文指涉事項的理解。
第五條至第二十九條，建議將條文依災後重建工作事項，譬如「預算編列」、「貸款補助」、「保費補助」、「重建工程」、「企業紓困」、「失業救助」、「疾疫控制」、「死亡與失蹤人口」…等加以群組，目前條文的編排，顯得無條理、無組織，很難讓人理解本項法律規範事項的脈絡與真義。
其次，有關各重建工作事項及權責的主管機關應該要明確，目前在條文中不但有甚多「由中央主管機關定之」、「由各級地方政府定之」、「由行政院勞工委員會定之」、「由內政部定之」、「由各該目的事業主管機關審核及監督」…的待定事項，還有諸如「中央執行機關」、「地方執行機關」、「中央政府」以及「由行政院公告之」、「報行政院核定」、「依行政院重建推動委員會之決議辦理」的權責不明；顯然重建條例對於任務執掌與權責仍未加以明確分工授權，這樣如何能有效迅速推動重建工作？
另外對於特別預算的編列，希望也能加以檢討，才能符應本條例第五條第二項「相關重建計畫之預算，行政院應覈實編列」的要求。特別預算1200億元分四個年度執行：98年度414億、99年度490億、100年度227億、101年度69億。雖然救災與受災戶補助需要龐大預算支應，但在缺乏重建計畫內涵的狀況下，預算的編列實在難以覈實；再說本（98）年度僅餘4個月，如何能有效執行完414億元這麼龐大的預算經費？因此重建特別條例的內容及預算的編列，值得行政、立法二院重新加以檢討調整。