中央政府組織再造後，行政院體育委員會將於2013年依「教育部體育署組織法」規定併至教育部，形同由二級組織降級為三級組織，因此，攸關未來國家體育經費是否也因為體育主管機關的降級而隨之減少，成為體壇人士所關切的問題。僉以倫敦奧運奪牌失利後，體育主管機關表示即使組織再造後，對於運動選手的培訓選手的經費和政策方向絕不會中斷，惟查據明(102)年教育部體育署單位預算書卻印證了體壇人士的憂心。
依據教育部體育署組織法，該署掌理的事項顯然較體委會時期增加了學校體育發展、職業運動相關業務，且依102年教育部體育署單位預算書所載，預算員額較體委會時期增加了8名，體育署的業務、員額顯然較體委會時期增加，所需經費應隨之增加，惟明(102)年體育署的預算50億8,210萬3千元，即使已移入了教育部「體育與衛生教育」、「原住民教育推展」及原行政院體委會的經費，卻仍較去(2011)年體委會時期的經費預算減少了1億4,393萬1千元(減幅2.75%)。再者，國家體育建設經費配置上呈現了下列問題：1.僅有「推展國際體育經費」較上年度增加1億265萬8千元，其餘經費不論「推展全民運動經費」、「推展競技運動」及「整建運動設施」經費率皆減列，且新增的推展國際體育經費主要用於辦理2017台北世大運各項籌備工作等，並非實質用於國際體育交流業務上。2.全民運動經費編列了1億9,828萬4千元，遠低於競技運動經費(7億6,903萬2千元)，仍呈現重競技輕全民的情形。3.整建運動設施經費21億8,293萬9千元，高占了國家體育建設經費的65.19%，排擠了「淨體育」預算（扣除硬體經費可資運用於推展全民運動、競技運動、國際體育與體育行政業務等預算分配）。
質言之，依據體育署102年施政目標，該署仍秉持推展全民運動和提升競技實力的施政理念，積極規劃國家體育運動之發展政策，值是，國家體育經費的編列應本著「全民健康與競技運動兼顧」、「軟硬體發展並重」的原則進行，俾達成102年「建構優質運動環境，擴增規律運動人口」、「爭取國際競賽佳績，提升國際地位」二大施政重點。
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