兩岸三通的啟動，不僅標誌兩岸關係發展的重要里程碑，對於台灣的經濟發展與產業佈局更有極重要的影響。
首先，最直接的效益是大幅降低兩岸間交通運輸的時間及成本，除了可提升台灣產業出口競爭力外，也有利企業在兩岸間建立更有效率的分工模式，促使高附加價值產業之核心競爭優勢能夠留在台灣；另一方面，海空直航也可強化台灣與全球市場的連結，吸引跨國企業在台灣進行加值服務及創新研發活動，促使台商與外商以台灣作為進軍中國大陸的營運總部及全球運籌中心。如果再加上未來簽署兩岸金融監理MOU、開放資本市場以及陸資來台實現之後，兩岸間的人流、物流、金流活絡暢通；那麼，台灣要成為亞太營運總部和全球運籌中心，將不再是遙不可及的夢想！
兩岸在政治走向和解之際，遇上百年罕見的金融海嘯，更進一步促使兩岸攜手、加緊合作共同面對經濟蕭條的危機。面對全球性大蕭條的來臨，兩岸間的經濟整合，似乎是台灣別無選擇的生存發展之道。這一點是台灣內部不論藍綠都必須面對的現實。隨著兩岸經貿關係日趨熱絡與密切，對台灣經濟與政治所可能帶來的副作用，恐怕是政府必須有心理準備並及早防範因應的重要課題。
就經濟層面而言，如何讓兩岸開放政策的實惠能夠全民雨露均霑；不僅是工商巨賈的商機，也是有利於普羅大眾的生計。譬如說，海運直航不僅有利於航運商降低成本，也應有助於提高台灣農產品（農民）的邊際利潤；空運直航除了節省時間成本外，也要反映在航空票價，讓消費者成為直接受益者；陸客來台的消費效益不是只由少數的飯店、旅行業者分食，而是可以擴大到「三中」，即中下階層（如攤販）、中南部、和中小企業（小型旅館與商店）等。
換句話說，兩岸開放的好處要能夠全民受惠，沒有階級之間或城鄉之間的嚴重落差，才能為未來兩岸經濟更進一步整合建立正當性。如何讓兩岸經濟政策的效益普及化與擴大化，需要政府團隊在執行上的落實與規劃相關配套措施。否則，一但開放後出現「贏家少、輸家多」的落差時，馬政府的兩岸政策將出現政治正當性的危機。
其次是「國內政治」的課題。兩岸經濟整合的趨勢難以逆轉，兩岸經濟相互依賴程度就越深。依照國際關係功能理論的看法，經濟互賴程度越深的國家或地區間，由於單邊抽離（片面毀約）的政治成本太大，兩國間在政治外交往往遵行妥協主義。兩岸間的政治妥協是否可行，除了北京的理解與善意外，最困難的部分恐怕是台灣內部能否化解藍綠歧見。這次三通協議僅涉及經貿事務性議題，藍綠即對於應否經國會決議吵翻天，未來還有兩岸金融監理MOU、兩岸綜合經貿協定、和平協議等政治性較高的兩岸協商，敏感性與複雜度只會更高。如何在兩岸經濟整合的進程中，在藍綠之間求同存異、在國會中與反對黨尋求最大公約數，考驗著馬政府政治溝通的智慧與能力，同樣是艱鉅的挑戰。
兩岸大三通為台灣「連結兩岸、佈局全球」的經濟戰略打通了任督二脈，讓台灣的國際競爭力具備了躍升的條件與能量。馬總統說，我們要去思考「如何能夠讓這個機會發揮最大的效果」，其實只說了一半。同樣重要的是，我們如何能夠預見對台灣內部政治經濟可能帶來的威脅與挑戰，進而及早規劃因應、有效化解！
（本評論代表作者個人之意見） （本文 2008.12.23 刊登於中央日報網路報）