南部地區由於近四個月降雨減少，僅達歷年平均降雨量的36%至46%，使得南部供水出現短缺危機。加以莫拉克颱風水災過後，曾文水庫、南化水庫及烏山頭水庫遭受土石淤積，有效蓄水容積銳減，造成南部地區面臨嚴重缺水危機。總統認為情況嚴重，必須提升到國家安全層次研擬有關安全穩定供水策略。

總統府於12月19日召開「抗旱會議」，從開源與節流二個方向構思方案對策。開源方面，包括「高屏大湖、水庫聯通」、「海岸水庫」以及「中水道回收系統」等方案，要求經濟部儘速委託專家學者進行評析，若經濟與技術可行性達一定程度，即可考慮施行。至於節流方面，則由經濟部、農委會提出明年春耕休耕停灌；99年元月起實施省水獎勵措施，節水顯著用戶可享優惠水價。在最嚴厲的缺水狀況下，則有分區限水、供水的備用計畫。

另一方面，對於水庫淤積清理，經濟部提出6年340億元的清淤、疏浚、排及改善上游邊坡水保措施構想；曾文水庫目前淤積率約22.3%、南化水庫約32.9%、烏山頭水庫約19.3%。此項清淤計畫構想，曾文水庫以6年為期、編260億；南化水庫則於7年內、編80億進行相關作業。此項清淤計畫構想係源於《石門水庫及其集水區整治特別條例》及預算的執行成效經驗，所以也不排除將以特別預算的方式編列。

曾文水庫與南化水庫管理當局針對清淤擬具的計畫，目前是先以高壓水柱沖刷泥砂並在庫區上游挖運移除土石，中長期則採取「水力排砂」方式解決。此具體計畫已呈報行政院審核，預計於99年度展開，預計工期一年以上。但也因此被質疑，南部三座水庫會產生缺水危機，即係導因於前此所進行的水力排砂實驗、耗費過多蓄水量所致。

針對缺水及清淤情況，南部縣市首長及民意代表則建議，由於淤積達水庫有效蓄水容積三成，影響蓄水量至鉅。水利主管部門似可趁此枯水季及庫區枯涸狀態，商請國軍工兵部隊儘速展開清淤；除可爭取時效，並可在明年汛期來臨前提高蓄洪與儲水能力。不必等到立法院下會期，通過特別條例預算後才開始進行。

當然水庫清淤工作要展開很容易，問題在於清淤之後，總容積達近億立方公尺的土石淤泥如何處置？何處堆放？從「還砂歸流」的觀點，若能將清淤出庫的土石導向河口出海，不但可以減緩沿岸侵蝕的國土流失，還可以減少陸運所需的道路設施與能源損耗、降低交通事故及環境污染顧慮。如果清淤工作缺乏全面配套策略，不論清運、再利用或棄置場所，都會有產生污染與釀災的威脅。因此，即使國軍工兵機具人力可以優先投入，也必須先行規劃相應管理措施。否則，必然會造成其他地區的污染及災害風險。

(本評論為作者個人意見)