兩岸簽署ECFA是促進兩岸經貿正常化的重要關鍵，然而至今在台灣內部仍有阻力，主要原因之一是許多民眾對於ECFA是否會損害我國國家主權有所疑慮，因而也認為應該以公民投票的方式決定應否與對岸簽訂ECFA，以維護國家主權與利益。
事實上，ECFA是兩岸經濟合作架構協議，其目的功能在確立兩岸之間的經濟合作之互動架構性，以促進和深化兩岸經貿交流合作，拓展台灣的對外經貿，其內容實未涉及國家主權問題，其簽訂結果也不會給予對岸干預我國主權的機會，故不會影響我國主權。也因此，美國前次助理國務卿謝淑麗（Susan Shirk）在2009年6月底來台訪問時，亦曾公開表示：兩岸之間有簽訂經濟合作協議之必要，而且兩岸經濟合作協議並不會使台灣的國家主權受到負面影響。
而ECFA的性質，乃是一種與經濟合作相關的架構性的協議，雖與一般具備完整實質內涵的自由貿易協定（FTA）或經濟合作協定不同，但兩個國家若簽署架構協議，即表示雙方同意就雙邊經貿自由化與經濟合作事項，作進一步的協商，其最終目的乃在簽署自由貿易協定或經濟合作協定；故ECFA在世界貿易組織（WTO）的分類中，也屬於FTA的一種，實際上即是兩岸之間FTA之前置性、過渡性協議，或者如同經濟部所稱是兩岸的「特殊FTA」。就這個方面來看，國際間至今已簽訂的FTA達400多項，卻從未聽聞因此而導致哪一個國家喪失主權或主權受損之情形。因此，只要在兩岸協商和簽署ECFA的過程中，我國政府堅持主權不可談判、絕不退讓，就不會有主權受損的情形。相反地，兩岸簽訂ECFA後，台灣參與區域經濟整合的阻力將大幅減少。如新加坡已表示在兩岸簽訂ECFA之後，即與我國簽訂FTA；未來我國再與東協、歐盟、美國、日本等主要國家簽署FTA的機會也將大幅提高。而簽訂FTA是主權國家間之行為，因此，兩岸簽訂ECFA，有助於我國加速與其他國家洽簽FTA，不但能夠彰顯我國家主權，也建構了一個台灣以及兩岸參與東亞經濟整合或與國際接軌的平台。
此外，許多民眾也很關心：我國與大陸簽訂ECFA所使用的身份、名稱，是否會有自我矮化之虞。然則，觀察過去台灣與大陸雙方所洽簽的多項協議，大都是以台灣海基會與大陸海協會雙方名義所簽訂，而相關協議均稱對方是台灣與大陸；又如果未來兩岸是由雙方政府部門代表簽訂ECFA，則應該會依循2009年兩岸簽訂MOU之模式，即以「台灣方面」與「大陸方面」稱呼彼此。以這兩種模式之一簽署ECFA，都不會在身份和名稱上造成矮化台灣的問題，也不會有損國家主權和尊嚴。
在此情況下，許多政治團體或政治人物堅持政府部門在與對岸簽訂ECFA前後須交付公民投票，實在是不盡合理的要求：
第一，世界各國在相互簽署FTA的過程中，都是由彼此行政部門協商、訂約，若干國家則在簽署FTA後則交付國會同意，經國會通過、批准後即行生效。因此從國際經驗來看，各國已生效的數百個FTA，在洽簽前後均未交付公民投票，既不致影響FTA之效力與合法性、正當性，同時也沒有因為其FTA未交付公民投票而致發生衝擊或損害國家主權之情事。
第二，過去台灣加入最重要的世界貿易組織（WTO）而簽訂協議時，並沒有經過公民投票，同時世界各國簽訂FTA時，亦未經公民投票表決；因此，ECFA乃是FTA的前置性、過渡性協議，其重要性尚不如FTA，實無需付諸公民投票，而僅須經過立法院同意即可。更何況，過去民進黨政府執政時期，我國與巴拿馬等國所簽訂的FTA亦皆未經公民投票，如今卻主張台灣與大陸洽簽ECFA需交由公民投票，實無道理可言。
第三，簽訂FTA或ECFA須經國會同意或監督，符合世界潮流和人民期待。行政院吳敦義院長日前已經表示，未來會落實由國會監督ECFA的要求，亦即行政部門亦認同ECFA的協商、簽訂與執行，將依法送交立法院審議，接受人民代表的監督，如此可以確保ECFA的內容符合人民期待，而無須再由公投決定。
第四，若干學者以歐盟有許多國家以公民投票作為決定是否批准該國參與歐洲政經整合過程的合法程序，而主張我國簽署ECFA須經公民投票通過。事實上，西歐國家推動經濟整合，早已歷經了自由貿易區、關稅同盟、經濟共同體等階段，直到進入貨幣同盟乃至於政治整合的階段，各國才採取公民投票決定是否同意加入之。而我國簽署ECFA乃係建立自由貿易區之預備階段，其經濟整合層次較低，距離真正的經濟整合距離尚遠，實無必要交由公民投票決定，等到未來如有可能進入貨幣同盟等更深層的經濟整合時，再交付公民投票決定，始有其合理性，也比較符合國際通例。
總之，兩岸簽訂ECFA是促進兩岸經貿交流合作的經濟議題與經濟行為，對於台灣未來經濟發展與對外經貿空間的拓展至有必要，實不宜因為政治考量而試圖運用主權爭議和公民投票來阻礙和干預ECFA付諸實行，以避免因政治干擾而衝擊台灣經濟發展，致使台灣民眾承受經濟苦果。
事實上，ECFA是兩岸經濟合作架構協議，其目的功能在確立兩岸之間的經濟合作之互動架構性，以促進和深化兩岸經貿交流合作，拓展台灣的對外經貿，其內容實未涉及國家主權問題，其簽訂結果也不會給予對岸干預我國主權的機會，故不會影響我國主權。也因此，美國前次助理國務卿謝淑麗（Susan Shirk）在2009年6月底來台訪問時，亦曾公開表示：兩岸之間有簽訂經濟合作協議之必要，而且兩岸經濟合作協議並不會使台灣的國家主權受到負面影響。
而ECFA的性質，乃是一種與經濟合作相關的架構性的協議，雖與一般具備完整實質內涵的自由貿易協定（FTA）或經濟合作協定不同，但兩個國家若簽署架構協議，即表示雙方同意就雙邊經貿自由化與經濟合作事項，作進一步的協商，其最終目的乃在簽署自由貿易協定或經濟合作協定；故ECFA在世界貿易組織（WTO）的分類中，也屬於FTA的一種，實際上即是兩岸之間FTA之前置性、過渡性協議，或者如同經濟部所稱是兩岸的「特殊FTA」。就這個方面來看，國際間至今已簽訂的FTA達400多項，卻從未聽聞因此而導致哪一個國家喪失主權或主權受損之情形。因此，只要在兩岸協商和簽署ECFA的過程中，我國政府堅持主權不可談判、絕不退讓，就不會有主權受損的情形。相反地，兩岸簽訂ECFA後，台灣參與區域經濟整合的阻力將大幅減少。如新加坡已表示在兩岸簽訂ECFA之後，即與我國簽訂FTA；未來我國再與東協、歐盟、美國、日本等主要國家簽署FTA的機會也將大幅提高。而簽訂FTA是主權國家間之行為，因此，兩岸簽訂ECFA，有助於我國加速與其他國家洽簽FTA，不但能夠彰顯我國家主權，也建構了一個台灣以及兩岸參與東亞經濟整合或與國際接軌的平台。
此外，許多民眾也很關心：我國與大陸簽訂ECFA所使用的身份、名稱，是否會有自我矮化之虞。然則，觀察過去台灣與大陸雙方所洽簽的多項協議，大都是以台灣海基會與大陸海協會雙方名義所簽訂，而相關協議均稱對方是台灣與大陸；又如果未來兩岸是由雙方政府部門代表簽訂ECFA，則應該會依循2009年兩岸簽訂MOU之模式，即以「台灣方面」與「大陸方面」稱呼彼此。以這兩種模式之一簽署ECFA，都不會在身份和名稱上造成矮化台灣的問題，也不會有損國家主權和尊嚴。
在此情況下，許多政治團體或政治人物堅持政府部門在與對岸簽訂ECFA前後須交付公民投票，實在是不盡合理的要求：
第一，世界各國在相互簽署FTA的過程中，都是由彼此行政部門協商、訂約，若干國家則在簽署FTA後則交付國會同意，經國會通過、批准後即行生效。因此從國際經驗來看，各國已生效的數百個FTA，在洽簽前後均未交付公民投票，既不致影響FTA之效力與合法性、正當性，同時也沒有因為其FTA未交付公民投票而致發生衝擊或損害國家主權之情事。
第二，過去台灣加入最重要的世界貿易組織（WTO）而簽訂協議時，並沒有經過公民投票，同時世界各國簽訂FTA時，亦未經公民投票表決；因此，ECFA乃是FTA的前置性、過渡性協議，其重要性尚不如FTA，實無需付諸公民投票，而僅須經過立法院同意即可。更何況，過去民進黨政府執政時期，我國與巴拿馬等國所簽訂的FTA亦皆未經公民投票，如今卻主張台灣與大陸洽簽ECFA需交由公民投票，實無道理可言。
第三，簽訂FTA或ECFA須經國會同意或監督，符合世界潮流和人民期待。行政院吳敦義院長日前已經表示，未來會落實由國會監督ECFA的要求，亦即行政部門亦認同ECFA的協商、簽訂與執行，將依法送交立法院審議，接受人民代表的監督，如此可以確保ECFA的內容符合人民期待，而無須再由公投決定。
第四，若干學者以歐盟有許多國家以公民投票作為決定是否批准該國參與歐洲政經整合過程的合法程序，而主張我國簽署ECFA須經公民投票通過。事實上，西歐國家推動經濟整合，早已歷經了自由貿易區、關稅同盟、經濟共同體等階段，直到進入貨幣同盟乃至於政治整合的階段，各國才採取公民投票決定是否同意加入之。而我國簽署ECFA乃係建立自由貿易區之預備階段，其經濟整合層次較低，距離真正的經濟整合距離尚遠，實無必要交由公民投票決定，等到未來如有可能進入貨幣同盟等更深層的經濟整合時，再交付公民投票決定，始有其合理性，也比較符合國際通例。
總之，兩岸簽訂ECFA是促進兩岸經貿交流合作的經濟議題與經濟行為，對於台灣未來經濟發展與對外經貿空間的拓展至有必要，實不宜因為政治考量而試圖運用主權爭議和公民投票來阻礙和干預ECFA付諸實行，以避免因政治干擾而衝擊台灣經濟發展，致使台灣民眾承受經濟苦果。
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