有關我國與對岸簽訂ECFA應否交付公民投票，近來引發爭議。民進黨和台聯認為此屬國家大事，理應交由人民決定；國民黨方面則認為，兩岸簽訂ECFA由行政部門推動，並經代表人民的國會來監督，已經能夠反映人民之意志，故實無必要由公投決定是否推動ECFA。因此，馬總統或國民黨並非反對ECFA公投，只是認為沒有必要；而有些政治人物或政黨堅持政府簽署ECFA一定要交付公投，其實沒有道理：
第一，簽訂FTA或ECFA須經國會同意或監督，符合世界潮流和人民期待。行政院吳敦義院長日前已經表示，未來會落實由國會監督ECFA的要求，亦即行政部門亦認同ECFA的協商、簽訂與執行，將依法送交立法院審議，接受人民代表的監督，如此可以確保ECFA的內容符合人民期待，而無須再由公投決定。
第二世界各國在相互簽署FTA的過程中，都是由彼此行政部門協商、訂約，若干國家則在簽署FTA後則交付國會同意，經國會通過、批准後即行生效。因此從國際經驗來看，各國已生效的數百個FTA，在洽簽前後均未交付公民投票，既不致影響FTA之效力與合法性、正當性，同時也沒有因為其FTA未交付公民投票而致發生衝擊或損害國家主權之情事。
第三，過去台灣加入最重要的世界貿易組織（WTO）而簽訂協議時，並沒有經過公民投票，同時世界各國簽訂FTA時，亦未經公民投票表決；因此，ECFA乃是FTA的前置性、過渡性協議，其重要性尚不如FTA，實無需付諸公民投票，而僅須經過立法院同意即可。更何況，過去民進黨政府執政時期，我國與巴拿馬等國所簽訂的FTA亦皆未經公民投票，如今卻主張台灣與大陸洽簽ECFA需交由公民投票，實無道理可言。
第四，若干學者以歐盟有許多國家以公民投票作為決定是否批准該國參與歐洲政經整合過程的合法程序，而主張我國簽署ECFA須經公民投票通過。事實上，西歐國家推動經濟整合，早已歷經了自由貿易區、關稅同盟、經濟共同體等階段，直到進入貨幣同盟乃至於政治整合的階段，各國才採取公民投票決定是否同意加入之。而我國簽署ECFA乃係建立自由貿易區之預備階段，其經濟整合層次較低，距離真正的經濟整合距離尚遠，實無必要交由公民投票決定，等到未來如有可能進入貨幣同盟等更深層的經濟整合時，再交付公民投票決定，始有其合理性，也比較符合國際通例。
總之，兩岸簽訂ECFA是促進兩岸經貿交流合作的經濟議題與經濟行為，對於台灣未來經濟發展與對外經貿空間的拓展至有必要，實不宜因為政治考量而試圖運用主權爭議和公民投票來阻礙和干預ECFA付諸實行，以避免因政治干擾而衝擊台灣經濟發展，致使台灣民眾承受經濟苦果。所以，任何政治人物或政治不宜將公投當作政治工具來阻撓簽訂ECFA這樣的經濟活動。當然，只要是依法進行的公投，任何人均無反對理由；所以，如果ECFA公投是依照「公民投票法」的程序所推動的，自可依據法制程序進行之。
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第一，簽訂FTA或ECFA須經國會同意或監督，符合世界潮流和人民期待。行政院吳敦義院長日前已經表示，未來會落實由國會監督ECFA的要求，亦即行政部門亦認同ECFA的協商、簽訂與執行，將依法送交立法院審議，接受人民代表的監督，如此可以確保ECFA的內容符合人民期待，而無須再由公投決定。
第二世界各國在相互簽署FTA的過程中，都是由彼此行政部門協商、訂約，若干國家則在簽署FTA後則交付國會同意，經國會通過、批准後即行生效。因此從國際經驗來看，各國已生效的數百個FTA，在洽簽前後均未交付公民投票，既不致影響FTA之效力與合法性、正當性，同時也沒有因為其FTA未交付公民投票而致發生衝擊或損害國家主權之情事。
第三，過去台灣加入最重要的世界貿易組織（WTO）而簽訂協議時，並沒有經過公民投票，同時世界各國簽訂FTA時，亦未經公民投票表決；因此，ECFA乃是FTA的前置性、過渡性協議，其重要性尚不如FTA，實無需付諸公民投票，而僅須經過立法院同意即可。更何況，過去民進黨政府執政時期，我國與巴拿馬等國所簽訂的FTA亦皆未經公民投票，如今卻主張台灣與大陸洽簽ECFA需交由公民投票，實無道理可言。
第四，若干學者以歐盟有許多國家以公民投票作為決定是否批准該國參與歐洲政經整合過程的合法程序，而主張我國簽署ECFA須經公民投票通過。事實上，西歐國家推動經濟整合，早已歷經了自由貿易區、關稅同盟、經濟共同體等階段，直到進入貨幣同盟乃至於政治整合的階段，各國才採取公民投票決定是否同意加入之。而我國簽署ECFA乃係建立自由貿易區之預備階段，其經濟整合層次較低，距離真正的經濟整合距離尚遠，實無必要交由公民投票決定，等到未來如有可能進入貨幣同盟等更深層的經濟整合時，再交付公民投票決定，始有其合理性，也比較符合國際通例。
總之，兩岸簽訂ECFA是促進兩岸經貿交流合作的經濟議題與經濟行為，對於台灣未來經濟發展與對外經貿空間的拓展至有必要，實不宜因為政治考量而試圖運用主權爭議和公民投票來阻礙和干預ECFA付諸實行，以避免因政治干擾而衝擊台灣經濟發展，致使台灣民眾承受經濟苦果。所以，任何政治人物或政治不宜將公投當作政治工具來阻撓簽訂ECFA這樣的經濟活動。當然，只要是依法進行的公投，任何人均無反對理由；所以，如果ECFA公投是依照「公民投票法」的程序所推動的，自可依據法制程序進行之。
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