附屬單位預算包含營業基金以及非營業基金。根據預算法的分類，營業基金指的是以營利為目的的國營事業；非營業基金則包含債務基金、作業基金、信託基金、特別收入基金以及資本計畫基金。立法院本會期即針對上述基金預算審議。
九十一年度營業基金編列營業總收入2兆8,099億元，較九十年度增3.8％；營業總支出2兆6,483億元，較九十年度增4.4％；純益1,615億元，減少4.4 ％；繳庫盈餘1,493億元，較九十年度增加33.1％；固定資產投資2,460億元，較九十年度增加5.1 ％。這些數據顯示營業基金的獲利已經削弱，並且固定資產投資過當，不僅增加債務負擔（九十一年度國營事業固定資產建設改良擴充因資金不足而舉借債務1,173億元），並且將會因增加國營事業之資本，造成國營事業資產龐大而使未來民營化釋股愈形困難。因此，國營事業不僅要加強其經營管理，使之獲利提升，且須加強固定投資之先期規劃與效益評估，作妥善的財源規劃。
此外，九十一年度國營事業釋股預算合計編列918億元，其中總預算案編列者有428億元，民營化基金釋股收入490億元。釋股收入主要用來支應國家重要支出，其中總預算案之釋股收入主要是供公務機關預算支出及統籌統支用途；民營化基金釋股收入主要是推動民營化相關支出之用。然而，九十年度當年度國營事業釋股預算2,128億元完全沒有執行，執行效率奇差，影響國庫調度甚鉅。儘管景氣不佳，政府仍須提出具體作法，加強釋股預算的執行效率。
非營業基金編列附屬單位預算業務總收入8,571億元，減少2.7％；業務總支出8,524億元，減少3.1％；賸餘47億元，較九十年度增加261.5％（主要係因行政院金融重建基金處理經營不善金融機構之理賠款，較九十年度創業預算所列減少所致）；解繳國庫淨額311億元，減少18.12％（因行政院開發基金解繳國庫額減少）；固定資產投資845億元，減少4.7％。
非營業基金有一項非常顯著的特色，其債務排除於公共債務法的限制之外。因為如此，非營業基金變成政府隱藏政府債務、操縱報表之工具，如前述債務基金即是。九十一度待融資財源中，1,523億元債務移由債務基金調度，此部分完全規避公共債務法舉債上限的限制，使政府每年實質舉債額度無上限，實須尋求法源依據。
除此之外，非營業基金舉債數額鉅大，九十一年度非營業基金的舉債數增加1,235億元，使得債務累積達到6,493億元之高峰，與公務預算之債務餘額合計，則達3兆5,829億元，合GNP34.4﹪，已是高負債國家的債務。政府應面對財政惡化的事實，適正表達政府實際負債狀況，切勿取巧以不當方式掩蓋事實，損及專業客觀，影響人民對政府的信心。
91年度附屬單位預算審議原則如下：
一、 審議附屬單位預算前，應檢視去年執行狀況。惟主計處九十年度預算執行狀況，僅發佈至第三季，第四季尚無資料，至為不當。
二、 公司法修正後，國營事業股東可直接分配買賣土地、資產重估等溢價收入，應要求政府補提「資本公積」收入預算及運用計畫。
三、 檢視國營事業及其他轉投資事業「董監事」及「顧問」之人事派任是否符合相關法令及專長條件，行政院須於審查前提出學經歷等人事背景資料及相關顧問費、出席費、交通費等支出資料俾供審查，以避免國營事業人事未能專業化、績效化及循私之弊端產生。
四、 檢視國營事業是否按國營事業計畫總綱達成其政策目標，例如其是否按核定民營化時程表編制預算，進行其民營化工作。
五、 國營事業中僅有四家（台電、中油、臺鹽、自來水）賺錢，且部分國營事業如台灣機械、中興紙業、台灣省農工企業等，其待填補虧損過大，政府須予以檢討改進，正視國營事業獲利對國庫貢獻日少的問題。
六、 部分國營事業之業務性質非屬事業經營性質，而屬普通基金性質，如中央健康保險局、勞工保險局、中央信託局等，卻以營業基金方式編列預算，允宜修正為普通基金或作業基金辦理。
七、 檢視國營金融業務成長狀況以及逾放款項偏高的問題，要求其將逾放款項積極轉列呆帳，並依規定儘速轉銷，以健全銀行體質。
八、 近年政府財政惡化，非營業基金成為政府操縱報表之工具，如債務基金為政府彌補年度資金缺口調度方式，其原不受公共債務法的規範限制。然今年元月公共債務法修正後規定，不具自償性的非營業基金舉債須列入債務範圍，且債務基金僅有代收代付的功用，無任何實質功能，因此其存廢須審慎檢視。
九、 檢視非營業基金之經營績效，避免有債務高築待填補短絀金額龐大，以及資金運用與法定用途不合之事宜。並要求其擬具開源節流之政策，儘速改進。
十、 檢視行政院違法撥借核能發電終端基金九十一億餘元給中船做為退休金之情事。依預算法規定核能基金需專款專用，但行政院卻於今年一月將核能基金先行墊款給中船，再於三月修改核能基金運用辦法，明顯違反預算法。
