監察院通過彈劾賴清德後，賴市長大表不滿，提出三點質疑，認為監察院「違憲擴權、傷害民主的大不諱，選擇性彈劾」。綜觀賴市長所提三點質疑，僅第一項為其論理依據，其餘二、三項具為政治語言之指控，缺乏論理基礎與依據。第一項之說法在受監察院約詢前即已公開表達，惟立論薄弱，錯誤百出，況監察院彈劾文已清楚針對此賴事長此等主張有所回應，賴市長或無細閱監察院彈劾理由，僅如「鬼擋牆」般不斷老調重提，更顯說服力之欠缺。
一、賴市長三大質疑，立論薄弱，難以服人
茲就其所提三項質疑回應如後：
（一）賴市長遭彈劾主因是「違法」。民主國家不容政治人物挾高民意恣意妄為，違憲違法！
第一，賴市長依據大法官是自498號解釋，主張地方政府與地方民意機關，屬制衡性質，而中央政府也僅能就特定事項為適法性或適當性的監督，府會間的爭議，尚非監察權行使的對象。其憤恨不平指出：「監察院對本人的彈劾案，未見指明本人有任何具體的行政違失的證據，只見欲加之罪的扣帽子，請監察院清楚向社會說明彈劾的根據何在？」
監察院彈劾理由書明列五大點，賴市長不知是沒有細閱，或是刻意視而不見，仍在硬凹。監察院理由包括：
1、 首開地方自治史上「官員集體不進議會」之惡例；
2、 被彈劾人違反地方制度法第48條與第49條規定；
3、 被彈劾人破壞民主與法治原則侵害憲政體制；
4、 被彈劾人不得以李全教判刑與否作為藉口；
5、 被彈劾人不進議會違反對憲法忠誠義務。
賴市長之所以被彈劾，主要仍是因為其違反「地方制度法」。民選首長固然必須對民意負責，但同時也必須遵守憲法與法律規定，斷不容挾民意自重，而恣意妄為毀憲違法。地方制度法第48及49條清楚規定市長與市府團隊必須到議會接受監督質詢的法定義務，市長違反法定義務，違法情事明確，故而遭到彈劾。監察院絕非以地方行政立法的政治互動進行衡量評斷，而是根據賴市長是否「違法、失職」作為判斷，賴市長始終以政治權鬥角度指責監察院，更顯示其對妄自尊大而對法律的不尊重。
此外，民主政治絕非只有選舉，更不容擁有高民意支持者為所欲為，因而在選舉之外，還有憲法、法律等規範，必須對憲法與法律有忠誠義務，依法行政。而政治制度的設計，也才需要將權力分開，分權制衡，就是為了避免少數政治人物掌權後，挾民意自重而為所欲為。難道只要有高民意支持，即可依此為後盾，恣意剝奪人民基本人權，侵犯人民基本權益？事實上賴市長不僅違反了地方制度法的相關規定，更破壞民主分權制衡的基本精神，根本挑戰了我國憲法民主國與法治國原則。監察院因此認為賴市長：「背離宣誓條例第2條第7項、第6條第2項之規定，嚴重斲傷現代民主法治國基本原則，逾越憲法與地方制度法規範地方自治團體首長行政權之基本界限，架空地方立法權，動搖民主社會基本核心價值，悖離公務員對憲法忠誠義務，核有公務員服務法第1條之適用，違失事證明確，情節重大」故依法予以彈劾。
監察院彈劾理由已經說明的很清楚，所以不是監察院必須向民眾說清楚，而是賴市長應該靜下心來真正細閱監察院彈劾理由，並反躬自省。
尤有甚者，賴市長主張今年市政預算已經通過，重大施政均能順利推動等，透過其他方式接受市民監督等，作為無違失的卸辭。然此實不足以作為不進議會的理由，倘中央或地方執政者均本此歪理，只要議會通過預算後即可置之不理，透過所謂其他方式對民眾負責，那民主政治分權制衡又何需存在？議會監督政府施政的基本責任又如何發揮？
（二）民選首長不是只對民意負責，還必須遵憲守法。監察院並未介入台南市府會爭議，但有權就市長「違法」時進行監督彈劾！
第二、賴市長主張地方自治團體府會的爭議調解權在行政院。地方府會互動關係，應由地方府會政治力自行發展解決，或經由行政訴訟、或經由地方制度法的上級機關協調解決，實無監察權介入的空間。所以認為監察院此彈劾係擴權與傷害民主。
然事實上，不論總統院際調解權或是地制法上級機關對地方府會爭議之協商權（地制法第38條），主要係針對機關間權限爭議，或是憲法與法律規範疏漏或不清之地方，而設計之解決機制。然今日台南市府與市議會的爭議，全係縣長個人政治考量與價值堅持（對此，吾人予以尊重。但其是否違法，自有權責機關評斷），台南市政府與市議會之間並未發生權限爭議問題，賴市長所被彈劾者，也係其違反地方制度法之法律義務，與權限爭議毫無關連。地方制度法第48、49條明文規定市府必須赴議會報報並備質詢，市府此等法律義務極為明確，也是民主的基本原則，絕非權限爭議，更無協商餘地。
其次，賴市長主張地方政府非不受監察院之監督，但監督標的限於行政權行使。此等見解完全係對監察權相關法制與職權行使的不瞭解，更是對行政權的誤解。監察院清楚表明：「監察院固應尊重地方自治，但若地方政府與議會互動，涉及嚴重違反地方制度法相關情事時，本於最高監察機關之職權，自得就違法之地方自治團體民選首長行使彈劾權」。而監察院彈劾權力來源係根據憲法第90條、97條第2項，監察法第6條、地方制度法第84條、公務員服務法第22及24條等。換言之，監察院不會介入台南市的府會政治問題，也不會介入上級機關的協調權限。但只要公務員有違法失職的情況出現，就依法有權介入監督。尤其市府團隊赴議會報告與備詢，為其法律義務，亦為市府職權之一環，更無排除受監督之理。難道市府編列預算，提出法案，不需向議會說明並爭取支持？此說明與爭取支持的過程，不是行政權行使之一部分？
賴市長自始便將台南市府會爭議扭曲定調為權限爭議，並主張政治上的爭議應循政治協商途徑化解，但始終避談其「法律義務」與「違法」的問題，是在模糊焦點。監察院就其違法事證而通過彈劾，本無考量政治爭議問題，純係依法論法。盼賴市長也能依法論法，理性以對。
至於賴市長指控監察院放任教育部蠻橫推動違法課綱，不管新北市八仙塵爆、苗栗縣敗壞財政等等，監察院自會依法獨立行使職權，對於相關公務員是否有違失部分進行調查。儘管結果尚未出爐，但不能以此武斷指控監察院沒有調查。
賴市長自己違法事證明確，不因其他不相關個案是否調查與懲處而有影響，請賴市長一碼歸一碼，不要牽拖他案。
（三）李全教不等於台南市議會。其賄選違法與否留待司法判決，賴市長豈能自兼法官，架空議會，獨攬行政立法司法三權於一身？
賴市長第三點質疑認為真正傷害民主的是李全教的賄選，監察院卻彈劾他，是本末倒置。
然監察權監督的對象，不包括民選的民意代表，因此有關李全教是否違法賄選，將由司法機關裁判，非監察院職權所能介入。況且李全教個人涉犯賄選等官司，在尚未定讞前，其議員資格不受影響，且議會採合議制，亦非議長一人所獨有；以議長一人涉犯司法案件為由，而讓整個市府行政團隊拒絕接受議會之監督，理由更難服人。
對此，監察院即援引聯合國公民與政治權利國際公約第14條第2項與刑事訴訟法第154條第1項的「無罪推定原則」，並依據「地方制度法」第79條規定，直轄市議員應經法院判決當選無效確定，或經法院判決選舉無效確定，致影響其當選資格或犯內亂、外患或貪污罪，經判刑確定等始得解職，故認為在現行地方制度法上李全教依法猶為臺南市議會議長。並強調賴市長身為臺南市長具有行政官署地位，必須對臺南市議會負責，並非對李全教負責，自不得單以議長李全教涉案尚擔任議長之位為由，作為違反地方制度法之藉口，進而破棄臺南市之立法權。
以高道德標準檢驗他人進行政治對抗的賴市長，目前自己也身陷另起議長賄選司法案件中，拒入議會的高道德訴求，已然崩解。
即使一向親綠的「自由時報」，日前也出現質疑聲音。報導指出其私下電訪57位台南市議員，有32位議員認為賴市長應該赴議會備詢，其中甚至包含7位民進黨籍市議員。民進黨台南市議會黨團雖然力挺決議不進場開會，但部分議員擔憂若兩個會期不開會，將恐遭解除職務，私下已有雜音浮現。賴市長以一人之堅持，竟綁架台南市議會綠營議員，使其無法行使職權，問政監督，實已愧對市民之付託。
二、修法強化議會與民眾監督課責力量！
從台南市府會爭議可以看見，民選首長恐憑藉自己高民意支持，從而破壞民主體制，而目前地方制度法之規範對於當前此種問題似無法提供有效之化解與課責機制。建議透過修改地方制度法補強漏洞，並增強議會課責的強度，以期地方自治之民主能更形鞏固。
一、賴市長三大質疑，立論薄弱，難以服人
茲就其所提三項質疑回應如後：
（一）賴市長遭彈劾主因是「違法」。民主國家不容政治人物挾高民意恣意妄為，違憲違法！
第一，賴市長依據大法官是自498號解釋，主張地方政府與地方民意機關，屬制衡性質，而中央政府也僅能就特定事項為適法性或適當性的監督，府會間的爭議，尚非監察權行使的對象。其憤恨不平指出：「監察院對本人的彈劾案，未見指明本人有任何具體的行政違失的證據，只見欲加之罪的扣帽子，請監察院清楚向社會說明彈劾的根據何在？」
監察院彈劾理由書明列五大點，賴市長不知是沒有細閱，或是刻意視而不見，仍在硬凹。監察院理由包括：
1、 首開地方自治史上「官員集體不進議會」之惡例；
2、 被彈劾人違反地方制度法第48條與第49條規定；
3、 被彈劾人破壞民主與法治原則侵害憲政體制；
4、 被彈劾人不得以李全教判刑與否作為藉口；
5、 被彈劾人不進議會違反對憲法忠誠義務。
賴市長之所以被彈劾，主要仍是因為其違反「地方制度法」。民選首長固然必須對民意負責，但同時也必須遵守憲法與法律規定，斷不容挾民意自重，而恣意妄為毀憲違法。地方制度法第48及49條清楚規定市長與市府團隊必須到議會接受監督質詢的法定義務，市長違反法定義務，違法情事明確，故而遭到彈劾。監察院絕非以地方行政立法的政治互動進行衡量評斷，而是根據賴市長是否「違法、失職」作為判斷，賴市長始終以政治權鬥角度指責監察院，更顯示其對妄自尊大而對法律的不尊重。
此外，民主政治絕非只有選舉，更不容擁有高民意支持者為所欲為，因而在選舉之外，還有憲法、法律等規範，必須對憲法與法律有忠誠義務，依法行政。而政治制度的設計，也才需要將權力分開，分權制衡，就是為了避免少數政治人物掌權後，挾民意自重而為所欲為。難道只要有高民意支持，即可依此為後盾，恣意剝奪人民基本人權，侵犯人民基本權益？事實上賴市長不僅違反了地方制度法的相關規定，更破壞民主分權制衡的基本精神，根本挑戰了我國憲法民主國與法治國原則。監察院因此認為賴市長：「背離宣誓條例第2條第7項、第6條第2項之規定，嚴重斲傷現代民主法治國基本原則，逾越憲法與地方制度法規範地方自治團體首長行政權之基本界限，架空地方立法權，動搖民主社會基本核心價值，悖離公務員對憲法忠誠義務，核有公務員服務法第1條之適用，違失事證明確，情節重大」故依法予以彈劾。
監察院彈劾理由已經說明的很清楚，所以不是監察院必須向民眾說清楚，而是賴市長應該靜下心來真正細閱監察院彈劾理由，並反躬自省。
尤有甚者，賴市長主張今年市政預算已經通過，重大施政均能順利推動等，透過其他方式接受市民監督等，作為無違失的卸辭。然此實不足以作為不進議會的理由，倘中央或地方執政者均本此歪理，只要議會通過預算後即可置之不理，透過所謂其他方式對民眾負責，那民主政治分權制衡又何需存在？議會監督政府施政的基本責任又如何發揮？
（二）民選首長不是只對民意負責，還必須遵憲守法。監察院並未介入台南市府會爭議，但有權就市長「違法」時進行監督彈劾！
第二、賴市長主張地方自治團體府會的爭議調解權在行政院。地方府會互動關係，應由地方府會政治力自行發展解決，或經由行政訴訟、或經由地方制度法的上級機關協調解決，實無監察權介入的空間。所以認為監察院此彈劾係擴權與傷害民主。
然事實上，不論總統院際調解權或是地制法上級機關對地方府會爭議之協商權（地制法第38條），主要係針對機關間權限爭議，或是憲法與法律規範疏漏或不清之地方，而設計之解決機制。然今日台南市府與市議會的爭議，全係縣長個人政治考量與價值堅持（對此，吾人予以尊重。但其是否違法，自有權責機關評斷），台南市政府與市議會之間並未發生權限爭議問題，賴市長所被彈劾者，也係其違反地方制度法之法律義務，與權限爭議毫無關連。地方制度法第48、49條明文規定市府必須赴議會報報並備質詢，市府此等法律義務極為明確，也是民主的基本原則，絕非權限爭議，更無協商餘地。
其次，賴市長主張地方政府非不受監察院之監督，但監督標的限於行政權行使。此等見解完全係對監察權相關法制與職權行使的不瞭解，更是對行政權的誤解。監察院清楚表明：「監察院固應尊重地方自治，但若地方政府與議會互動，涉及嚴重違反地方制度法相關情事時，本於最高監察機關之職權，自得就違法之地方自治團體民選首長行使彈劾權」。而監察院彈劾權力來源係根據憲法第90條、97條第2項，監察法第6條、地方制度法第84條、公務員服務法第22及24條等。換言之，監察院不會介入台南市的府會政治問題，也不會介入上級機關的協調權限。但只要公務員有違法失職的情況出現，就依法有權介入監督。尤其市府團隊赴議會報告與備詢，為其法律義務，亦為市府職權之一環，更無排除受監督之理。難道市府編列預算，提出法案，不需向議會說明並爭取支持？此說明與爭取支持的過程，不是行政權行使之一部分？
賴市長自始便將台南市府會爭議扭曲定調為權限爭議，並主張政治上的爭議應循政治協商途徑化解，但始終避談其「法律義務」與「違法」的問題，是在模糊焦點。監察院就其違法事證而通過彈劾，本無考量政治爭議問題，純係依法論法。盼賴市長也能依法論法，理性以對。
至於賴市長指控監察院放任教育部蠻橫推動違法課綱，不管新北市八仙塵爆、苗栗縣敗壞財政等等，監察院自會依法獨立行使職權，對於相關公務員是否有違失部分進行調查。儘管結果尚未出爐，但不能以此武斷指控監察院沒有調查。
賴市長自己違法事證明確，不因其他不相關個案是否調查與懲處而有影響，請賴市長一碼歸一碼，不要牽拖他案。
（三）李全教不等於台南市議會。其賄選違法與否留待司法判決，賴市長豈能自兼法官，架空議會，獨攬行政立法司法三權於一身？
賴市長第三點質疑認為真正傷害民主的是李全教的賄選，監察院卻彈劾他，是本末倒置。
然監察權監督的對象，不包括民選的民意代表，因此有關李全教是否違法賄選，將由司法機關裁判，非監察院職權所能介入。況且李全教個人涉犯賄選等官司，在尚未定讞前，其議員資格不受影響，且議會採合議制，亦非議長一人所獨有；以議長一人涉犯司法案件為由，而讓整個市府行政團隊拒絕接受議會之監督，理由更難服人。
對此，監察院即援引聯合國公民與政治權利國際公約第14條第2項與刑事訴訟法第154條第1項的「無罪推定原則」，並依據「地方制度法」第79條規定，直轄市議員應經法院判決當選無效確定，或經法院判決選舉無效確定，致影響其當選資格或犯內亂、外患或貪污罪，經判刑確定等始得解職，故認為在現行地方制度法上李全教依法猶為臺南市議會議長。並強調賴市長身為臺南市長具有行政官署地位，必須對臺南市議會負責，並非對李全教負責，自不得單以議長李全教涉案尚擔任議長之位為由，作為違反地方制度法之藉口，進而破棄臺南市之立法權。
以高道德標準檢驗他人進行政治對抗的賴市長，目前自己也身陷另起議長賄選司法案件中，拒入議會的高道德訴求，已然崩解。
即使一向親綠的「自由時報」，日前也出現質疑聲音。報導指出其私下電訪57位台南市議員，有32位議員認為賴市長應該赴議會備詢，其中甚至包含7位民進黨籍市議員。民進黨台南市議會黨團雖然力挺決議不進場開會，但部分議員擔憂若兩個會期不開會，將恐遭解除職務，私下已有雜音浮現。賴市長以一人之堅持，竟綁架台南市議會綠營議員，使其無法行使職權，問政監督，實已愧對市民之付託。
二、修法強化議會與民眾監督課責力量！
從台南市府會爭議可以看見，民選首長恐憑藉自己高民意支持，從而破壞民主體制，而目前地方制度法之規範對於當前此種問題似無法提供有效之化解與課責機制。建議透過修改地方制度法補強漏洞，並增強議會課責的強度，以期地方自治之民主能更形鞏固。