司法強調者即為公平，公平是民眾對社會認知、對社群、對國家支持的重要因素。不過，在世界經濟論壇報告中，歷年來我國「司法獨立性」指標的世界排名，始終是後段班，成為拖累我國競爭力的項目，也可見民眾對我國司法的信心仍然不足。
市長特別費的爭議之一，便是有很高比例的民眾認為「標準不一」、「雙重標準」。對於這個影響台灣六千多名政府首長名譽的案例，以及足以挑動政黨、群眾衝突的事件，司法機關自應以最審慎嚴謹的態度來處理。尤其，如果偵辦的標準不一是因為政治利益或壓力所形成的非制度性因素，則對目前好不容易進行的司法改革，更是一大斲傷。
此外，在行政程序上，對於首長特別費的報支並無明確的法規範，因此公部門對此一費用的支出與核銷主要基於行政慣例而來。換句話說，特別費作為首長實質補貼性質的權宜作法，三十多年來已成慣例，於法亦無不合之處。毋怪乎，當檢方強調有六十二位首長不曾使用特別費，以扭曲馬英九係非法使用時，被譏為「偏頗」。
因為現今尚有六千多位首長係以此一慣例請領特別費，數十年來則已超過了三萬位，卻不見檢方有任何動作。當然，如果以檢方起訴的標準來看，我國長久以來的整個文官體系，亦恐將陷入更大的危機之中。
此案一審判決無罪，對於原本制度模糊之處，亦有些許澄清，期盼台灣政治、行政與司法界能有所惕厲，對於制度未能完善之處，應進行修正，使文官得以依循，亦使民眾能相信司法。
（本評論代表作者個人之意見）
【2007-08-15/聯合報】